Після Другої світової війни союзне командування в Японії розробило нове агентство для допомоги в управлінні тероризмом і насильством в тихоокеанському регіоні. Агентство було укомплектоване нінджя, і їм спочатку було доручено займатися внутрішніми справами. Зрештою, ця програма виросла до своєї нинішньої форми, керуючи 20 000 нінджя в різних внутрішніх і міжнародних справах. Одним з таких нінджя є Кудо. 17-річний невдаха середньої школи тепер готовий стати наступною лінією оборони проти потенційного сплеску іноземних вбивць, які вторглися до Токіо.